上世纪70年代，中国就派医疗队、农业专家到苏丹南方，帮助当地人民改善农业和医疗状况。苏丹南方自治政府成立后，中南各层次友好交往不断加强。2011年7月9日，南苏丹宣布正式建国，中南签署建交公报。同日，中国驻南苏丹大使馆开馆。2024年9月，两国建立战略伙伴关系。
近年来双边互访：
中方：全国政协副主席刘新成（2019年）。
南方：总统基尔（2012年，2018年9月来华出席中非合作论坛北京峰会，2024年9月来华出席中非合作论坛北京峰会），外长蒙代（2025年6月来华出席中非合作论坛成果落实协调人部长级会议）。
南苏丹独立建国后，两国经贸关系发展顺利。2011年11月，中南成立双边经贸联委会。中国政府积极参与南苏丹经济社会建设，援建了医院、学校、打井等项目，提供多批紧急人道主义物资，得到当地民众好评。2024年，中南贸易总额为4.7亿美元，其中中方出口额1.7亿美元，进口额3亿美元。中方主要出口电气设备、机械器具等，主要进口原油。
援苏丹南方医疗队始派于1971年。2012年1月，中南签署中方向南苏丹派遣医疗队的谅解备忘录，12月，中方派出首批援南苏丹医疗队。目前在南苏丹工作的为第13批医疗队。
