2006年3月1日，爱沙尼亚外交部就陈水扁决定终止“国统会”运作和“国统纲领”适用事正式照会我驻爱使馆。爱外交部再次确认，将继续坚持一个中国政策，根据爱沙尼亚共和国总统与中华人民共和国主席1994年6月13日在北京签署的《联合声明》所陈述，爱沙尼亚共和国政府承认中华人民共和国政府是中国唯一的合法政府，台湾是中国领土不可分割的一部分。爱沙尼亚非常重视台湾海峡地区的和平与稳定。