上海合作组织（简称“上合组织”）成员国元首理事会是上合组织最高机构，每年举行一次例会，就组织内所有重大问题作出决定和指示。
2001年6月15日，上合组织成员国元首理事会首次会议在中国上海举行。会上，六国元首签署了《上海合作组织成立宣言》，宣告上合组织正式成立。
2002年6月7日，元首理事会第二次会议在俄罗斯圣彼得堡举行。六国元首签署《上海合作组织宪章》《关于地区反恐怖机构的协定》《上海合作组织成员国元首宣言》等三个重要文件，为上合组织的机制化和法律化建设奠定了基础。
2007年8月16日，元首理事会第七次会议在吉尔吉斯斯坦首都比什凯克举行。六国元首签署了《上海合作组织成员国长期睦邻友好合作条约》，把成员国人民“世代友好、永保和平”的思想以法律形式确定下来。
2025年9月1日，上海合作组织成员国元首理事会第二十五次会议在天津梅江会展中心举行。习近平主席主持会议并发表题为《牢记初心使命 开创美好未来》的重要讲话，强调上合组织已成长为世界最大区域组织，国际影响力和感召力日益增强，各成员国须遵循“上海精神”，脚踏实地砥砺奋进，更好发挥组织功能，坚持求同存异、坚持互利共赢、坚持开放包容、坚持公平正义、坚持务实高效，朝着构建人类命运共同体的美好未来坚定前行。会议期间，习近平主席同与会各国领导人就共同关心的国际和地区问题深入交换意见，为上合组织下步发展擘画了蓝图、描绘了前景，达成了系列共识。成员国领导人签署并发表《上海合作组织成员国元首理事会天津宣言》，批准《上海合作组织未来10年（2026-2030年）发展战略》，发表关于第二次世界大战胜利和联合国成立80周年的声明、关于支持多边贸易体制的声明，通过加强安全、经济、人文合作和组织建设等24份成果文件。成员国领导人共同见证上海合作组织应对安全威胁与挑战综合中心、打击跨国有组织犯罪中心、信息安全中心、禁毒中心揭牌。会议一致同意接受老挝为对话伙伴，决定由吉尔吉斯斯坦接任2025至2026年度上海合作组织轮值主席国。
